Son vazifeler yerine getirilirken, dini şart ve örfler itina ve hassasiyetle yerine getirilmiştir. Cenaze namazının bir camide kılınıp kılınmama yolunda dinen ne gerektiği konusunda, Makbule Atadan Hanımefendi Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreteri Hasan Rıza Soyak'a danıştı, İlahiyat Fakültesi kelam ilmi ve İslam Felsefesi ordinaryüs Profesörlerinden Mehmed Şerafettin Yaltkaya'nın fikri alındı. Din alimi, cenaze namazlarının muhakkak camilerde kılınması yolunda kesin bir kayıt olmadığını bildirmiş ve daha çok makam, kıdem ve selahiyeti olarak, bir de Diyanet İşleri Başkanlığı'nın görüşlerinin alınmasını tavsiye etmiştir.
Bunun üzerine Diyanet İşleri Başkanı Mehmed Rıfat Börekçi'nin fikri sorulmuştur. Milli Mücadelenin meşruiyetine dair Anadolu Uleması fetvasına, ilk imza koyan din adamı, "O'nun cenaze namazı, tertemiz hale getirdiği bütün vatanda, bu farizanın yerine getirilebildiği her yerde kılınabilir" fetvasını vermiştir.

Atatürk'ün cenaze namazını, Diyanet İşleri Başkanlığı yapan, Ord. Prof. Mehmet Şerafettin Yaltkaya kıldırmıştır.