Mustafa Kemal'in yaveri. 1897'de İstanbul'da doğdu. Harp Okulu'nu, topçu teğmeni olarak bitirdi. Galiçya Cephesi'nden sonra Filistin'de 7. Ordu Müfettişliği yaverliği yaptı ve bu sırada 7. Ordu'yu komuta eden Mustafa Kemal'in karargahına geçti. Kumandanın emir subayı oldu. Bu beraberlik 1930 yılına kadar sürdü. Erzurum ve Sivas kongrelerinde, Heyeti Temsiliye çalışmalarında Mustafa Kemal'in sivil karargahında kaldı. Ankara'ya geldikten sonra görevini sürdürdü.
Muzaffer Kılıç, Cumhuriyet'in ilanından sonra, baştan beri Mustafa Kemal'in yanındaki diğer subaylarla birlikte, terfi etti ve yüzbaşı oldu. Çankaya Köşkü'ndeki görevini aksatmadan, Ankara Hukuk Mektebi'ne girdi ve 1928'de mezun oldu. Kısa bir süre sonra da iş hayatına atıldı. Ticaretle uğraştı. Bir nebati yağ fabrikası kurdu. Bu arada İstanbul Şehir Meclisi üyeliğine seçildi ve uzun yıllar burada kaldı. Aynı zamanda Ankara Anonim Türk Sigorta Şirketi'nin yöneticiliğini üstlendi. 1939'da bir dönem Giresun milletvekilliği yaptı.

1959'da özel işlerini izlemek için Ankara'ya giden Muzaffer Kılıç Kızılay'da, sokakta geçirdiği bir kalp krizi sonunda öldü.